La Renaissance voit apparaître un bouillonnement de questionnements, de recherches, de remise en cause des explications issues de la pensée médiévale. D’un côté, la philosophie naturelle, consistant en une adéquation entre les Ecritures et la science antique, se place comme seule référence du savoir en donnant à la Nature des vertus magiques et ésotériques, et de l’autre côté, la redécouverte de territoires jusque là inconnus, comme l’Amérique, remettent en cause la validité du savoir issu de la philosophie naturelle.

Face à ces recherches de certitude et de sens, se développe une nouvelle pensée qui considère la Nature non plus comme un immense être vivant, mais comme une immense machine dont les mécanismes peuvent être compris et reproduits par la main de l’homme. Il faut donc aller chercher les secrets de la nature en elle même par une méthode dite rationnelle, reposant sur l’ordre et la mesure.

La Nature, toujours féminisée, perd son organicité magique sous les réflexions de Descartes, pour qui il faut « épouser la Nature pour qu’elle te soit transformée en servante. La Nature se livre d’avantage si elle est persécutée par l’art [la technique] que lorsqu’on la laisse en liberté. ». Pour Francis Bacon, la Nature est une « femme dissimulatrice […],il te faut pénétrer Dame Nature pour prendre ce qui est en son sein, par la force ou par la ruse ». L’homme doit devenir maître de cette immense machine qu’est la Nature, en faisant table rase de tout ce qui peut en occulter le sens. Le poids du langage a son importance, car les femmes sont exclues de la science rationnelle qui se met en place. À la magie s’oppose la méthode rationnelle ; à la figure de la sorcière, celle qui connaît les secrets de la nature, s’oppose celle du savant rationnel et rigoureux qui tente de prédire mécaniquement le fonctionnement de la machine naturelle. « comment faire des prévisions méthodiques si des femmes usant de pouvoirs irrationnels, se mettaient à susciter, hors de tout contrôle des phénomènes perturbateurs ?» résume Thuillier dans son ouvrage (Pierre THUILLIER. Science et société. Essais sur les dimensions culturelles de la science. Biblio essais, 1988)

La rationalité, attribut masculin, assure désormais la constitution, le contrôle et la légitimation du savoir, même dans des domaines, qui jusque là étaient occupées par des femmes.

Frontispice de la Margarita Philosophica. Toutes les sciences humanistes, les “humanités” sont féminines, alors qu’aucune femme n’accède à ces disciplines, le latin ne leur étant pas enseigné

Cependant, paradoxalement, en face de la dévaluation et de la perte de crédibilité des femmes en sciences, celles-ci restent liées à l’activité de connaissance, sous forme d’allégories du savoir, celui-là même dont elles sont exclues. Ainsi le montrent les frontispices des ouvrages de l’époque humaniste, telle la Margarita Philosophica de Gregor Reich (1504) présentant les sept Arts Libéraux. De cette représentation féminine du savoir on passera à l’idée que la femme est par nature non seulement dominée par ses passions, mais également ignorante et de fait indisposée à l’activité scientifique.

Le discours médical et philosophique appuiera ces idées en théorisant le corps et l’intellect de la femme.